那么朱元璋为何如此？其实很简单，他也知道李善长是冤枉的，知道李善长没有谋反。那么李善长被杀的原因究竟是什么？
这事得从明朝建国之初的朝廷体制说起，明朝初建，明随元制，也就是诸多制度还沿用的是元帝国的制度。
最开始，朱元璋为了此事，专门找大名鼎鼎的刘伯温谈过一次话，谈话的主题就是如何对朝廷的有关制度进行改革，而改革的核心其实就是4个朝廷官职：以中书省为帝国最高行政机构的左丞相、右丞相、左右平章政事。不过左右平章政事基本没什么权力，大权都在左右丞相手中握着。
而当时的明帝国的左丞相是李善长，而右丞相是徐达。如果徐达在朝，那么左右丞相，还能互相牵制，问题是明帝国前期还有诸多零碎战事没有彻底完成，所以身为右丞相的徐达长期在前线带兵打仗，并不在朝。那么朝中大权就落在了李善长一人身上，这样问题就严重了。
即便李善长功劳很大，朱元璋也不愿看到李善长独揽大权的局面出现，这样最直接的后果就是分化、弱化甚至削弱皇帝的权力，一家独大终成权臣，如此就算不能威胁到朱元璋，也会威胁到朱元璋的后代，简单来说这对朱明江山就是一个炸弹，什么时候爆炸不知道。
