不过，忽必烈更加偏向于汉文化，因此，他自然是不被族内长老们所看好的。而阿里不哥恰恰是与忽必烈反着来，一切都以游牧民族为尊，所以，推其上位的呼声最为高涨。可是呢，夺权不能光靠喊的，腰板子也得硬，而在任何时代下面，谁掌握了军权，谁的腰板子才能硬起来。因此，当时还忙于同南宋作战的忽必烈，便急忙与南宋调停，将精兵全部带了回去，在当时燕京一带，遣散了阿里不哥想要扩充为军队资源的民兵。南宋景定三年，忽必烈在军队的拥戴下，自立为大汗，而才刚过了一个月，另外一位也被蒙古族内部长老们推举为了正规的大汗。就这样，蒙古内战爆发并持续了四年，最终以阿里不哥的投降而告终。至此，蒙古的内战才算真正结束。忽必烈也成为了蒙古国"公认"的大汗。
但为什么说忽必烈并没有真正的统治整个蒙古呢？那就跟内战后的遗留问题有关了。原先支持阿里不哥的窝阔台汗国、钦察汗国与察合台汗国，在忽必烈战胜后都宣告了独立，唯一支持忽必烈的伊利汗国也获得了高度的自治权，也基本不受其管辖。因此，严格意义上来说，他所掌握的地盘只是他自己，也就是后来的元。
