建文帝下令各地官员受朝廷节制，采取削藩政策，先后废黜周王、湘王、齐王、代王等。随后抓捕了燕王府官员，逼的朱棣走投无路只好装疯，蓄势待发。由于建文帝年轻，没有政治经验，谋臣多是书呆子，于是昏招迭出，打了草惊了蛇。燕王率领八百府兵，称其为"靖难"之师，号称清君侧，讨伐建文帝的大军。
朝廷和燕王之间开始了一场血腥的、持续三年的军事对峙。在叛乱开始的时期，燕王尚不占兵力上的优势。他的军队只有十万人；除了他的封地北京之外他也没有能够控制任何其他领土。南京的建文朝廷有一支三倍于燕王军队的常备军，拥有全国的经济，并且已经废除了几个藩国。但燕王的领导能力、高素质的军队却非朱允炆可比。随着战争时间的延长，朝廷指挥不当、兵力孱弱、内部松懈的缺点严重影响了战局。直至节节败退，许多将领投降了燕王。
