康熙四十五年，官府找到了"王士元"一家，立即捕捉。朱慈焕的妻、妾、三个女儿和一个儿媳，按照崇祯帝一家的老传统，全部自缢而死，男性成员除了一子早已故去外，3个儿子和1个孙子都被抓住。
到了康熙四十七年初，大岚山的造反活动被清军彻底镇压下去，张念一等人被抓获，对于"朱三"的追捕也更加紧迫起来。这年四月，官府在山东抓住了朱慈焕和他的两个儿子。
这个时候，朱慈焕已经七十五岁了，根本没有意愿和能力造反。那康熙皇帝会怎么处理这个已经七十五岁的朱慈焕呢？
其实，就在朱慈焕案发的前10年，胸怀广阔的康熙在南巡的时候，还祭奠了明孝陵，见到毁坏严重，还向身边的大臣表示："朕意欲访察明代后裔，授以职衔，俾其世守祀事。"
