弘治年间，为了完善庶吉士制度，大学士徐溥提议将庶吉士定科选拔，并标明庶吉士员额，"庶吉士之选，自永乐二年以来，或间科一选，或连科屡选，或三科同选............自今以后立为定制，一次开科，一次选用。"其中"三科同选"指的是明宣宗宣德九年，当时宣宗诏令他登基以来举办过的三次科举的进士们一起到文华殿参与庶吉士的选拔，导致出现了"三科同选"这样神奇的场景。
弘治朝以后，庶吉士仍然不是根据徐溥的建议每次科举都要选。
根据万历时期内阁大学士朱赓的总结来看，从嘉靖二年到万历八年共计二十场科举考试，有九次科举都没有选拔庶吉士。
而万历十一年之后的每场科举考试都对庶吉士进行了选拔，"自嘉靖癸未 (嘉靖二年 )至万历庚辰 (万历八年 )二十科内，九科不选。自癸未 (万历十一年 )后，每科俱选。"
因为庶吉士是高级文官的储备人才，朱棣在庶吉士的选拔制度定型时期，也确立起了庶吉士的培养制度。我们上文说过，因为新科进士不习政务，所以明太祖朱元璋将他们分遣去各个政府机构观政学习。
