而到了太宗时期，朱棣让内阁阁臣们为教师，负责教育各位新晋的庶吉士。但是除了这两种方式之外，明代还通过直接命令庶吉士办事的方式培育庶吉士。
比如宣德年间，宣宗就任命通过锻炼的庶吉士为六科给事中，"与知县、教谕俱历事六科以备用。"
同时明宣宗考虑到内阁大臣们都是日理万机，政务繁忙，为此他免去了内阁大臣们的教导庶吉士任务，另外额外任免学士作为庶吉士的老师督导庶吉士学习，而内阁大臣们只需要负责抽空考校庶吉士的学习情况就行了，"后生进学必得前辈老成开导之，卿等日侍左右，无余闲，其令学士王直为之师，常提督教训，所作文字亦为开发改窜。卿等或一两月或三月一考阅之"，自此之后一般每科庶吉士都会有两位学士或以上官职的官员作为馆师教授庶吉士。
庶吉士所需要学习的是经史典籍，国家典章制度，诗词歌赋的写作以及定期参加馆试和阁试。
