马家军能够继续存在，盖因清廷统治力衰退，不得不依仗回民将领安定西北。西北军事历来需要内地协饷，马家军虽然在政治上填补了清廷的空缺，但战斗力却从此止步不前。
除了没有国家饷银的支持外，回民诸将的封建保守思想也是很大的问题。马家军继承了湘军"兵为将有"的传统，在选拔军官上任人唯亲，排外思想严重。
在募兵上，军士最初为雇佣兵，后来在相当长时间内采取"拔门兵"制度，就是利用宗教领袖的影响力征兵。阿訇们招来多少兵就做多大的官，会不会领兵作战并不重要。
在训练上，马家军几乎没有。即便到了民国，装备也以冷兵器为主，热兵器主要为前清甘军和湘军留下的老式火器。
