崇祯即位后，重用袁崇焕，任命他为蓟辽督师，袁崇焕在视察辽东时，听闻皮岛总兵毛文龙虽名义上归顺朝廷，实则到处烧杀抢掠，冒领军饷，于是用尚方宝剑处死了他。其实毛文龙所部虽然军纪败坏，贪污腐败，但经常骚扰清朝后方，对于牵制清军作用重大。
作为毛文龙的心腹爱将，孔有德始终认为袁崇焕是剪除异己，而毛文龙实则是"无罪横受屠酷"。于是他和老乡耿仲明商量之后，一起逃回了山东，投靠了登州巡抚孙元化。
崇祯五年，孔有德、耿仲明因为率兵支援辽东战事不利，在吴桥发动兵变，率兵攻占了登州城。第二年，因为明朝大军的围剿，二人走投无路之下，只能弃城出海，投降了清朝。听说明朝两位能征善战的大将来降，皇太极非常重视，立刻亲自出城市迎接，并设宴款待，亲举金卮酌酒饮之。
酒宴之后，孔有德被皇太极授予都元帅一职，有独自统兵之权。公元1636年，皇太极称帝，孔有德被封为恭顺王，同时被封王的还有怀顺王耿仲明和智顺王尚可喜，史称"三顺王"。但以孔有德威望、职位最高，所以被称为大清朝第一汉人藩王。史载：崇祯间有三叛臣，其首恶为孔有德。
