该年农历六月，朱元璋攻打江南，派遣常遇春和邓愈从巢湖南下，一路攻打到芜湖。在采石矶之战中，邓愈只带着小队人马偷袭元军，出其不意，就俘虏了敌方大部分精锐。他趁着元军军心大乱时，命人准备了两只小船装满燃料、火药等物品去偷袭敌方水师，最后元军水师大败。
邓愈等人乘胜追击，带兵攻打金陵。南台御史福寿带着士兵死守金陵城，城池坚不可摧，邓愈和诸将带人浴血奋战，最后终于攻破了金陵城。之后，邓愈与徐达二人顺势沿途进攻，拿下了镇江、丹阳、金坛、广德。朱元璋因功论赏，将邓愈提为广兴翼元帅，并让他去镇守广德。
1362年，胡廷瑞向朱元璋献上龙兴路，朱元璋将其改为洪都府，提升邓愈为江西省参政，让他镇守洪都。后来洪都失守，朱元璋没有降罪于他，徐达收复洪都后，朱元璋让邓愈辅佐朱文正继续镇守此处。
