当然白莲教的起义是不可能成功的，但这场起义还是动摇了元朝的根基，为后来明朝的建立打下了基础。虽然白莲教对明朝建立有功，但朱元璋并不领情，在国内严厉打击白莲教，追捕白莲教徒。最后白莲教一部分人流亡到蒙古，帮助蒙古进攻中原，甚至刺探明朝情报，充当汉奸。当然最后这些人也没什么好下场，被蒙古当作礼物送给明朝。
清朝时，白莲教又向明朝靠拢，打起了"反清复明"的口号，成为了当时的主要反清势力之一。在清朝嘉庆年间，白莲教发动了规模最大的起义，前后持续了九年零四个月，开始为白莲教徒，后来参加者达到十几万。清政府为镇压起义耗费白银2亿两，相当于当时清政府5年的财政收入，从此，清王朝从所谓''隆盛之世''陷入了武力削弱，财政奇黜的困境，迅速跌入没落的深渊。
