贾责战死，巡即整合贲之部众，据守如故。敌攻雍丘数月，死伤过半，终未攻下。此时，许远（字令威，709-757，杭州盐官人，即今浙江海宁西南，也是开元末年进士）任雎阳（今属河南商丘）太守，雎阳附近的城邑均被叛军攻陷了，惟独许远坚守雎阳。巡以小邑抵抗大寇，自难久守，迫不得已，只能突围，率三千人走入雎阳，与许远兵合于一处，共六千人。恰恰此时，朝廷有诏，拜张巡为主客郎中（掌归顺之蛮夷，负责朝贡、接待、给赐之事）并兼河南节度副使。
至德二年（757）初，禄山被子庆绪杀死，庆绪遣将尹子琦率领突厥（中国古代民族）等部精兵会合叛将杨朝宗，一共约有十余万人，夜以继日，围攻睢阳。张巡带领将士固守，一日接战二十次，士气一点都不衰。许远自知才不及巡，推巡领头主持军事，自己管筹军粮物资。巡杀出城，击退叛军，所获大批车马牛羊，全都分给部下将士，丝毫不入自己家中。巡欲乘胜攻取陈留（今属河南），子琦听说，再围睢阳。如此反复，直至七月，城中粮已接近吃完，士卒每日发米一勺，杂以树皮草根为食。兵亦只剩一千多人，瘦弱得不能持弓。
巡杀爱妾以维众，众泣不能食，巡强迫食之。远也杀奴供士卒。继而，又张天罗地网，捕鼠捉雀，最后就吃铠弩的皮革。然而，就是这般境地，巡还说降不少叛将，并且都得其死力。御史大夫（掌监察弹劾事务）贺兰进明屯驻临淮（今安徽凤阳、定远一带），许叔冀和尚衡的部众驻守彭城（今属江苏徐州），都观望不前，不肯来救。巡特派部将南霁云（712-757，魏州顿丘人，即今河南清丰人）突出重围，请求救兵。叔冀不应。他又复至临淮，见进明，进明曰："睢阳存亡已决，兵出何益？"霁云答："城或未下，如已亡，请以死谢大夫！"进明仍无出师之意。进明见他是壮士，设宴置乐款待他，并想留用他。
