后来拓跋弘有了儿子，冯太后喜得长孙，非常高兴，把政权还于文帝。文帝亲政后，试图脱离冯氏控制，提拔很多不被冯太后重用的大臣。
后来文帝得知冯太后有很多宠臣，觉得有失颜面，于是下令将为首的李奕处死。此举让冯太后大发雷霆，导致母子决裂，冯太后忍无可忍，利用自己的声望联合众多大臣，逼迫拓跋弘退位，并秘密杀害。
文帝去世后，年仅5岁的孝文帝拓跋宏继位，冯氏再度临朝听政。冯太后虽然毒害了文帝，但对孙子孝文帝还是十分疼爱的，一直培养他的治政才能。
在位期间，她效仿汉人，大兴教育，尊崇儒法，禁断卜筮、谶纬之学，从而开始了鲜卑族的汉化过程。这一点，又为后来孝文帝迁都洛阳，推行大规模的汉化措施打下了基础，清除了障碍。
