窝阔台系内乱给了其他各系机会，贵由本来就是非正常继位，当时最大的蒙古军头之一--西方征服者拔都根本不服他，两人在长子西征时期就互相看不顺眼，此后更是发展到彼此仇视的地步。贵由曾经想发动对拔都的征讨，不过被群臣劝阻，他后来也死得不明不白，很多人猜测他的死是拔都派人暗害的。贵由去世后新的库里台大会再度召开，拔都的战功和能力让他受到不少人推选，不过聪明的拔都自知朮赤系继承汗位不会得到宗室的广泛支持，再加上代表拖雷系的唆儿忽黑帖尼对他大力拉拢，而他和蒙哥的关系又是诸位堂弟中最好的，所以选择了和拖雷系结盟。
朮赤系和拖雷系的联盟是无可匹敌的，窝阔台系被彻底压倒，蒙哥成功被推选为新的大汗，蒙古历史上全新的一页被揭开了，从此之后拖雷系把持了汗位，成为成吉思汗子孙中最强大的一支。在这一过程中，唆儿忽黑帖尼是当之无愧的第一功臣，把拖雷遗留下来的实力和人脉都发挥到了极致。蒙哥上位后疯狂打压窝阔台一系，这一方面是防止对手的反攻、一方面也是盟友拔都的愿望。这样的内部争斗极大的破坏了蒙古帝国内部的团结，蒙古人的黄金时代结束了，此后成吉思汗子孙们建立的四大汗国基本上都是各行其是、陷入了事实上的分裂状态。
