长子，张敬修，万历元年中举人、万历二年会试下第，万历五年会试依旧下第，直至万历八年才会试及第得中进士。多年赶考不中的首辅之子一朝得中，自然会引起无数的流言蜚语，这种阴影也在随后一直伴随着张敬修。其后因父荫授世袭同知，官居礼部主事。作为张家的长子，张敬修自然在抄家的过程中受到了特殊的照顾。严刑拷问的压迫，长子的责任，对于父亲的孝顺多种因素的作用使得张敬修在留下一份绝命血书之后在牢中自缢，用性命来自白。
次子，张嗣修，参加万历五年会试，主考评定二甲第一名，万历帝亲自擢拔为一甲第二名，是张居正考取功名的三个儿子中最早登榜的，然而张嗣修的名次毕竟是仰仗了首辅之子的荣光，里面含了水分，终究是不负众望。而且在其父巨大的声望之下，张嗣修也未在政治生涯中有过出彩的事迹，在张家被抄之后，被万历帝发配充军，之后情况不详。
三子，张懋修，年幼时被张居正寄予厚望，称之为："汝少而颖异，初学作文，便知门路，吾尝以汝为千里驹。" 张懋修万历八年会试及第，是张居正诸子之中科考成绩最好的一个，然而作为首辅之子得中状元，一时间众多非议猜测纷至沓来，到了清算的时候，首辅之子连续得中功名也成为了政敌们攻击的理由。在抄家拷问的时候，张懋修投井自杀未遂，绝食不死，侥幸保存一条性命。张居正当政期间，他在众多质疑声中并没有太多机会证明自己，张居正失势之后，留下性命已是侥幸。直到崇祯三年张案平反，此时张懋修已经七十六岁，早已垂垂老矣，在事业方面他没有什么表现。所幸他整理搜集了张居正全集四十六卷，为这段历史留下了宝贵的资料。
四子，张简修，武职出身，加恩授南镇抚司佥书管事，后任锦衣卫指挥。万历十一年年，被万历皇帝褫夺'锦衣卫指挥'职位，贬斥为民，其后情况不详。
