更要命的是匈奴人虽然在汉军历次大规模北伐中被大量杀伤，但依然可以利用北方草原游牧地带的广阔战略纵深与汉军周旋。一旦汉军结束军事行动，对于匈奴的打击有所放松，匈奴的各个部落便会在短时间内恢复元气，并继续南下袭扰汉朝领地。因而，包括河套地区的众多汉朝新区都面临着类似的需要内地军事力量大力反哺，否则难以为继的窘迫。
随着汉匈战争的持续，汉朝自身靠盐铁专卖获得的国力也难以为继。汉武帝晚年也已经意识到了这个问题，公元前89年的《轮台罪己诏》出炉，就是暂停继续扩张这一战略的意思。然而对于已经建成的河套等新区，汉武帝显然不会选择自我打脸的方式予以调整。
汉武帝死后，汉朝开始改变过去非常高压的经济政策，逐步开放了不少行业的全盘官营比例。而与匈奴关系的缓和也使得河套地区的安全形势有了缓解。但已经达到开发极限的屯田新区建设经常因为各种原因而时断时续。随着西汉王朝的国力衰退和王莽建立新朝前后的动荡，汉朝在西域地区的殖民地纷纷撤离，河套地区也陷入萧条。
