石达开直接指挥作战的能力，在太平军将领中应该是最强的，在危急的时刻，他多次力挽狂澜，扭转了太平军不利的局面。1852年，太平军在长沙城下陷入清军反包围，形势万分危急，石达开率部西渡湘江，开辟河西基地，缓解了太平军的缺粮之危，又多次击败进犯之敌，取得"水陆洲大捷"，重挫清军士气。他率部为全军先锋，夺岳阳，占武汉，自武昌东下金陵，二十八天挺进一千八百里，战无不胜，攻无不克，令清军闻风丧胆，称他为"石敢当"。
杨秀清为了抑制石达开的势力，曾将其留在天京，让他远离军队。1854年，在太平军西征失利的情况下，杨秀清不得不让石达开前往主持军务，前线将士得知石达开到来，士气大振。石达开认为太平军和湘军最大差距在于水师，便命人仿照湘军的船式造舰，加紧操练水师。在湘军兵锋直逼九江的危急时刻，在石达开的指挥下，太平军于1855年初在湖口、九江两次大败湘军，使湘军水师溃不成军，曾国藩本人也投水自尽，被部下救起。在石达开的正确指挥下，太平军西征的军事行动也进入全盛时期。
天京事变后，在大多数太平天国将士的强烈要求下，洪秀全升石达开为通军主将，主持天国军务，但实际上洪秀全经历天京事变后，已经不再相信任何人，声明"主是朕做，军师也是朕做"。同时，他任用其两个兄长对石达开进行牵制，不久洪秀全又收了石达开的兵权，不让他离开天京。
