但好景不长，五年后，乡绅因病去世，朱焕慈遭到了王家的嫌弃，不得不再次过起了流浪的生活。后来朱焕慈流落到江南，当起了和尚，在庙中，朱焕慈受到了一名香客的青睐，在这名香客的劝说下，朱焕慈还俗，并且娶了这名香客的女儿为妻。康熙四十七的一天，早已年过七旬的朱焕慈正在下棋，外面突然闯进了一队官兵。原来在多年前，朱焕慈喝酒后失言暴露了自己的身份。
朱慈焕被带走后，康熙帝亲自审问，然而问明了身世后的康熙并没有遵守诺言让他守明帝黄陵以示自己的大度。相反，他连夜下旨："着凌迟处死，子俱着立斩。"康熙这是把朱慈焕当成大逆不道的谋反之罪处理了，虽然此时的朱慈焕已经七十多岁高龄，老态龙钟，已然手无缚鸡之力，但由于他那怎么也洗不到特殊身份，终还是没能逃过被杀之劫。
这个时候朱慈焕已经七十多岁了，手无缚鸡之力了，那么为什么还要这样做呢？其实原因很简单，这个人也是个隐患，在历史每个朝代，干什么都讲究一个师出有名，这个人只要在一天，或者他的子孙在一天对于大清朝就是一个巨大的隐患，可以说是不得不杀。值得一提的是，在清史中，出于各种目的，记载的是朱慈焕五岁便夭折了，实际朱慈焕的这件事，通过多种方式流传了下来。
