黄巾起义平定后，因皇甫嵩力保得以官复原职，随后力劝大将军何进勿招董卓进京，以致祸乱朝纲。还因不畏强权，公开反对对董卓行废帝之举差点被杀。随后以年老为由，告老还乡隐居幽州，于公元192年病逝。
雪峰居士论曰：
皇甫嵩、朱儁、卢植三人可谓东汉最后的名将、朝廷最后的中流砥柱。他们忠于朝廷，未趁汉室之危拥兵自重，成为割据一方的势力，比之袁绍、曹操、袁术、刘表、孙策、孙权、刘备等人要高尚许多，这点当值得敬重。可惜汉灵帝不能善用，致使东汉一步步走向衰亡，失去最后的挽救机会。
其实，皇甫嵩是有多次机会可以自己独霸一方，甚至南面称制，但是他都选择了放弃。否则，汉末历史也会改写。然，在朝为官多年的皇甫嵩、朱儁、卢植三人，不会不知道此起彼伏的黄巾余部动乱会危害国家根基、也不会不知道刘焉的《建议选牧伯》的奏疏会造成国家分裂，可是他们都选择了沉默，默认天子的一切，不为私利，也没有出言阻止，而是默默认可这一切。如此看来审时度势、匡扶正义于他们无缘，但忠于朝廷、忠于天子却是真，不管这天子诏书是谁发出。关键还是在于他们虽身居高位但交出兵权，从此无足轻重也。
