在万历深居宫中的三十年，我们无法推测在这期间发生了什么，但对于这所谓的"消极怠工"的日子里全都在醉生梦死间度过，这点显然是站不住脚的。首先，万历皇帝不上朝不代表他不办公，一些重要的内阁大臣是必须要召见的，重要的奏折也继续批着，不然在万历年间发生过的这么多征伐战事若没有他的亲自批示，这个庞大的帝国又怎能照常运转。其次，我们可以猜测得出万历是在与廷臣斗气，从大量的缺官不补就可以看出皇帝的态度是消极的。
史书《昭对录》里面就曾记载道，万历皇帝的身子是比较虚的，经常四肢酸软无力，脚底经常钻心地疼痛，所以难以出席各类活动。要知道明代的言官系统就是专门为皇帝而设立的一个监督和上谏机构，当万历对众臣言明身子抱养时，那些大臣们又以为是陛下为了不上朝而随便找个理由搪塞他们，于是乎铺天盖地的奏章和谏言又叠满了万历的案台，其主题只有一个：那就是陛下请以祖宗社稷为重，不要为自己的懒惰找借口。对此，万历也是有苦说不出，只得放任自流，又一头扎进深宫之中。
那么对于万历所言其病痛难耐是否属实呢？这一点在上世纪五十年代就已经有了定论，证明万历真的是被冤枉的。
1956年，在明史学家吴晗和学者郭沫若的带领下，开始对万历皇帝的定陵开始进行发掘工作，当考古学家打开万历的棺椁后，发现他的遗体以一个非常诡异的姿势摆放着，他没有平躺而是仰面侧卧，右腿还是弯曲甚至变形的。于是专家认为，不论是棺内万历右腿蜷曲的痛苦形状还是尸骨复原后，右腿明显比左腿短的情形，都足以说明这位皇帝生前确实患有比较严重的腿疾，这种程度的腿疾已经严重影响了日常活动。但可惜的是，由于当时的科技水平有限，并没有能对万历的遗体进行良好的保存，因此我们如今已无缘得见开棺时的景象。
万历皇帝也曾经在遗诏中提到"比缘多病静摄有年，郊庙弗躬，朝讲希御"，即因病需要多静养，故不能上朝，脚病或许不是最重要的原因，但至少给了万历皇帝一个不上朝的理由，也相信历史能够透过层层尘埃，能够给这位幽居宫中三十年的帝王一个公正的定论。
