嘉靖皇帝死后,儿子穆宗继位当皇帝,因为徐阶干掉了严嵩,所以徐阶的名声还是很好的,大家都说他是为国为民的好官啊!做了首辅的徐阶那就继续当为民请命的好官吧,因为穆宗很不靠谱,经常不处理政务,老是眷恋女色,待在后宫不处理政事,徐阶屡屡上书劝谏皇帝,穆宗很不爽,加上次辅高拱想扳倒徐阶自己做首辅,而高供又是穆宗的老师,高拱向皇帝进谗言说徐阶的坏话,接着徐阶就以辞职为由劝解穆宗,穆宗就顺坡下驴赶徐阶回老家吃老米去啦,徐阶就这样被赶回了老家松江华亭!
任职内阁首辅之时,推荐高拱、张居正等名臣进入内阁,尤其是张居正,在万历朝推行一条鞭法,改革税制,让大明朝为之一振。辞职后,大肆购买土地,鱼肉乡里,利用明朝的制度缺陷,为自己敛财。被海瑞严惩后,又打击报复海瑞,将海瑞排挤出政治主流,毁掉了清官海瑞。
这一切的一切都因徐阶有私心,喜欢结党营私,公器私用,前期政治卓越,难免身后被当地百姓所摒弃。结党营私是明朝中后期的一大弊病,也是明朝灭亡的重要原因之一。