就这样，宋朝以一种奇怪的方式恢复了。然而有人口风不严，导致消息泄露，韩山童被官府捉住，不久后就被处死。其后，刘福通又拥立韩山童之子韩林儿为小明王，继续领导起义。当时的中原地区，受蒙古人统治已经长达一百多年，汉人早就受不了蒙元的暴政。当他们听说汉人的宋朝复国了，于是纷纷加入到起义军麾下。起义军均以红布裹头，所以也被称为红巾军。
由于蒙元统治既腐朽又废弛，红巾军很快横扫中原，并且解放了故宋的首都开封。1357年，刘福通以韩林儿的名义，发动一场声势浩大的北伐。刘福通聚集数十万军队，从东、中、西三路向蒙元发动最猛烈的进攻，而这次北伐也成为中国历史上最声势浩大的北伐之一。
西路军由白不信、大刀敖、李喜喜率领进攻陕西、甘肃，中路军由关先生、破头潘、冯长舅、沙刘二率领进攻山西，东路军由毛贵率领由山东进攻大都。北伐军一路高歌猛进，沿途的元军纷纷起义响应。在朱元璋之前，红巾军已经脱去了宗教外衣，吹响了民族解放的号角。
虽然蒙元政权已经腐朽，但却仍不乏精兵强将，李思齐和察罕帖木儿两支军队像幽灵一样缠着这三支北伐军，李思齐一直在陕西，察罕帖木儿在山西、河北、河南、山东数省之间机动，西路军在西北首先就遭到了李思齐和察罕帖木儿的围攻，经过在陕甘宁边区数年的晃悠、苦战，西路军最终败退入四川加入明玉珍部，而中路红巾军跟察罕帖木儿的军队在山西展开了拉锯战。龙凤四年，刘福通命令东西两路军分别向元大都进攻，以形成合围之势，但由于东路军行军速度过快，中路军还没有抵达大都，东路军就在大都附近战败退回了山东，如此，中路军也只好退了回去。
