虽然两者都是地方父母官，可是县令和知县还是有些许不同的，不过却还是有些许不同，首先就是在年代之上的不同。
县令的叫法起源于春秋战国时期，此时的中国正从分封制的行政制度开始逐步转换为郡县制，原来分封的诸侯到地方上治理地方，所以这个时候的行政长官的名称就是"县令"，当然在《晋令》上记载更加明确了县令的职能，因为不是每一个地方官都叫做"县令"，当时法律规定了人口超过一万的县方可以称之为"县令"，反之只能被称作县长，而这种叫法从战国一直延续到了隋唐时期。
到了宋代，县一级的行政单位则发生了改变，以前的县令改名称为"知县"，"知"谐音为"执"，很好理解，也就是执掌、管理的意思。
从这个时候开始，知县正式代替县令成为了县级的长官，直到清朝灭亡。其次，知县和县令也还有别的不同，在未实行科举制之前，县令一职大多是由地方势力所担任的，在"科举制"诞生之前，秦汉到南北朝时期的选官制度为"察举制"，而当时的县令则是由盘根错节的地方势力推荐的。
