消息传来，满朝震惊，是于谦力主保卫北京，拥立朱祁钰即位，击退瓦剌人的进攻，才使得明朝免遭靖康覆辙。瓦剌人进攻不利，明朝又有了新皇帝，无法勒索更多好处，于是将朱祁镇放归。朱祁镇归国后被尊为太上皇，软禁在南宫中不得自由，长达七年之久。后来朱祁钰病重，石亨、徐有贞、曹吉祥等人发动夺门之变，迎立朱祁镇为君。
天无二日，民无二主，二帝并存是不可能的。一个月后，三十岁的朱祁钰力气去世，当初有拥立之功的于谦、王文被下狱。于谦是有功之臣，且为人清廉，完全没有必死的理由。徐有贞力劝于谦不死，复位无名，朱祁镇扭捏一番，终于对于谦痛下杀手。在《明事》中，朱祁镇对是否杀于谦犹豫再三，不过是做戏而已，因为于谦之死只是开始。
于谦死后，朱祁镇大规模清洗朝堂，杀害众多京师保卫战的有功朝臣。内阁辅臣王文被害，曾在德胜门击退瓦剌骑兵的将领范广更是被凌迟处死。内阁辅臣陈循、工部尚书江渊、刑部尚书俞士悦被流放，内阁辅臣萧萧镃、商辂，吏部尚书王直、右都御史李、右通政殷谦等被罢职。这些国家栋梁之才，逃过了土木堡之变，打赢了北京保卫战，却没能逃过朱祁镇的报复。
