毁于雷击和战火
这座令人无比赞叹的寺塔在多年平安无事后，于嘉靖四十五年时毁于雷击，"惟塔及禅殿仅存"。这被认为是不祥征兆，有警告新皇帝的天意。
万历年间，"报恩寺佛殿尽毁，一塔尚存，斜向东北。万历庚子年，本寺讲僧弘恩化缘修之，用万金焉。此塔未修之先，早晚日射光彩万状，令人目夺。既修之后，觉光彩顿少。"
康熙三年居士沈豹募款重建，但在1856年的太平天国运动中尽毁于战火。后来虽然重建，但占地仅方亩，已完全没有以往的壮观和神奇。
2008年8月，在大报恩寺遗址地宫出土的铁函中发现七宝阿育王塔等一系列世界级文物与圣物，内藏"佛顶真骨"。而这让人们再次回想起昔日大报恩寺、塔的辉煌。
