成化年间两次征伐之后的60年间，建州女真再次归顺，和明朝恢复了朝贡贸易，接受了明朝的册封。在这60年，建州的经济开始恢复了起来。嘉靖年间，女真和明朝的关系又紧张起来，原因同样是因为女真的"朝贡"遭到了阻碍。1542年开始，建州女真不断侵犯辽东。明朝则派李成梁进行反击，建州首领王杲被杀。为缓和民族矛盾，1576年，明朝在清河、叆阳、宽奠等开放边市，进行贸易。但是明朝的官兵却操控市场，再次引发了民族矛盾。1580年，建州女真再次侵犯辽东。同年，李成梁也对建州进行了反击，导致建州部更加衰落。清史专家李治亭认为，明朝和建州女真的战争，完全是明朝的欺压引发的。
李成梁石坊
海西女真部位于松花江一带，但是和明朝的关系就比较融洽了。"土木堡之变"后，海西女真受到蒙古的进攻，被迫南迁，有些部落也加入到了侵犯辽东的行列之中。不久，哈达部的王忠、王台称雄女真长达40年。他们垄断了海西女真对明朝的朝贡，同时约束各部的行为，稳定了东北的秩序。从王氏的强大可以看出，女真开始有走向统一的趋势。
