此时，辽东已经成为了明朝经营东北的跳板。这里为中温带气候，地形平坦，辽河贯穿全境，突然肥沃，有利于农耕经济的发展。但是，辽东之外的黑龙江流域则气候严寒，在当时不利于农业生产，因此明朝的势力也难以推进。占据辽东之后，蒙古在东北依然存在一定的势力。于是明朝试图招抚女真来制衡蒙古，利用"金元世仇，欲其蛮夷自攻也"，这是明朝对边疆民族推行了"以夷制夷"的具体表现之一。在明朝的诏谕下，部分女真部落臣服于明朝。
灭纳哈出势力后，明朝试图在斡朵里（依兰）设置三万卫，但是未能成功，只好撤回开原一带。这说明，明朝虽然击败了蒙古残余势力，但是想要将自己的势力深入东北复地还是十分困难的。明朝势力真正推进到黑龙江流域，是永乐时期。1403年，朱棣派遣使者到黑龙江诏谕，接着许多女真部首领相继入京朝觐。明朝于是将这些部落册封为卫，其部落酋长为指挥使。到永乐七年，已经册封了132个卫，海西女真、建州女真、野人女真相继归附。1409年，明朝在奴儿干（特林，黑龙江入海口一带）设置了奴儿干都司，成为了明朝在黑龙江的军事据点。
不过，明朝对东北的控制依然是十分薄弱的。一方面，奴儿干都司驻扎的军队十分有限，甚至没有驻扎军队。1413年，明朝派遣宦官亦失哈巡视奴儿干，并且修建了永宁寺。但是在1432年第二次巡视奴儿干时，发现永宁市已经被毁，不得不进行重建。永宁寺位于奴儿干都会被毁，说明明朝在此应该没有驻扎军队。
另外，明朝对辽东的控制也并非十分稳定。1423年，辽东女真杨木答几掠走开原军民1000余门，逃到阿木河地区。随后，建州左卫首领猛哥帖木儿率领建州与之交战，结果建州左部女真遭到了重大的损失，猛哥帖木儿战死去，部族被掠杀惨重。该事件史称"阿木河之变"。之后，建州左卫被迫南迁辽东苏子河（今辽宁抚顺），和建州卫相邻。其内部又出现了分裂，之后明朝又增加了建州右卫，于是形成了"建州三卫"。
