黄翼升这人的长处是"素性宽和"，比较受将士拥戴。然而，他的短处也在此。由于过于宽厚，难免"驭军不严"，在短短三五年间，长江水师的风气日渐败坏，军纪不严、操练松懈。部分官兵甚至公然为盗，为害一方。一时间，引得朝野议论、弹劾不断。
曾国藩在世时，还能勉强约束长江水师的官兵。当曾国藩病逝后，他们就必然更加无法无天了。
基于此，朝廷在曾国藩病逝后，立即启动整顿长江水师的各项事宜。其中，第一件事就是收拾黄翼升。
为此，朝廷召彭玉麟为钦差大臣，对长江水师进行巡视。彭玉麟在巡视中发现了长江水师存在的各种弊病，提出了"将才宜慎选、积习宜力除、 军政宜实讲、体制宜复旧"等整顿之策，认为长江水师不宜兼习弓箭，同时建议长江水师提督黄翼升申请开缺回籍养病，推荐福建水师提督李成谋继任。
