与其他王朝不同，明朝末年自然灾害频发，可谓旷古未有，据相关学者统计，明代共发生水、旱、虫、震、雪等十二类自然灾害3952次，其中水旱灾和震灾占到了自然灾害的四分之三。
而从万历年间至崇祯年间，年年都有一种或几种自然灾害，仅从崇祯元年到崇祯十七年，就发生了水灾、旱灾、雪灾、蝗灾，一些地区还发生地震；每一次的灾害都造成大量饥民，特别是旱灾，往往与其他的自然灾害并发。
由于明末政治腐败，地方官员中饱私囊、赈灾不力，加上当时要抵抗后金的侵略，所以朝廷无法腾出足够的精力去应付这些流民，由此导致民心不稳，社会动荡不安，以致明王朝内忧外患，不可避免地走向灭亡。
频繁的自然灾害导致农业受到极大损失
