后来浙江余姚一位胡乡绅到庙里游玩，见20出头的朱慈焕，容貌清秀，气质不俗，又满腹诗书，十分健谈。胡乡绅极为欣赏，劝他还俗，还把自己的女儿嫁给了他。于是朱慈焕落户浙江，也算是成家立业了。结婚后，朱慈焕以教书为业。岳父去世后，随着生儿育女，家庭的重担一下落在了他身上，他不得不四处寻找教席，还经常向一些地方绅士打秋风，勉强维持生活。他一生小心翼翼，安分守法，哪里风声紧，他就赶紧带着大家子逃亡，几十年间流动于大江南北，历尽艰辛。
虽然一辈子受尽委屈劳累，不过毕竟活过了古稀之年，生了好几个孩子，又有了孙子，也总算儿孙满堂。特别是到了晚年，赶上康熙盛世，政治局面日益安定。康熙为了争取民心，6次拜谒明皇陵，行三跪九叩之礼。
康熙三十八年(1699年),皇帝拜了明孝陵后，还向大臣表示要查访个明皇室后裔，用以管理明孝陵。虽然朱慈焕不敢出头去接受康熙皇帝的这个好意，但是皇帝对故明的态度如此"亲善'',他认为自己这辈子可以善终了。
不料，在康熙四十七年(1708年),大祸发生。这一年四月，他正和东家在书房下棋，突然闯入一队官兵，将他锁拿。回忆起来，事发的根由是自己几年前的一次口风不严，酒后向一位交往很久的老友透露一点自己的"秘密''。世上没有不透风的墙。这个有爆炸力的消息很快传了出去。
浙江东部有一位志在反清复明的念一和尚，听说这个消息，就在康熙四十五年(1706年)打起了朱慈焕的旗号，在大岚山起事。朱慈焕闻讯大惊，立刻带着一个儿子由浙江逃到山东，没想到两年之后还是被抓了。在抓他之前，官员曾到余姚他的家中搜查。他家中还有"一妻二子三女一媳",闻听官兵来捕，气势汹汹，知道大事不好，除了一个儿子外，其他6个人，全部被清廷诛杀。
