因此，清廷和曾国藩对接下来的剿捻满怀信心。1866年，曾国藩正式以钦差大臣身份督师剿捻。他抽调2万湘军精锐和6万淮军主力，共计8万大军北上中原，为了再次建立不世奇功，他还要其弟曾国荃复出，领湖北巡抚，曾国荃还在老家招募4000新湘军，交由淮军将领郭松林（原为湘军将领，后拨给李鸿章创建淮军）统率。曾国荃拔安庆，破天京，名扬天下，世人称之"曾铁桶"。这次曾氏兄弟再次携手对抗捻军，能否再造辉煌呢？
1866年下半年开始，曾国藩和赖文光开打了。但是曾国藩在这广阔的北方平原上就是找不到赖文光的主力，好不容易找到了，既围不住又追不上。原来对付南方太平军的那套完全不管用。正在曾国藩苦恼了半年后，赖文光开始反攻曾国藩了。11月，赖文光主力突袭湖北，曾国藩自感终于拽住赖文光了，迅速前去围剿。没想到正中赖文光下怀，他首先在安陆（今钟祥市）全歼淮军大将郭松林，并俘虏之。这太打脸了，气的曾国荃捶胸顿足。接着12月再灭淮军大将张树珊（被斩），1867年1月再打残淮军大将刘铭传军，2月又在蕲水灭湘军大将彭毓橘（被斩，曾国藩表弟，攻克天京的几大功臣之一）军。
短短的两个多月，湖北战场成为曾国藩的噩梦。他无颜面对清廷，清廷只好换帅，用他的学生李鸿章替换了他。接过帅印的李鸿章会不会比曾国藩更惨呢？并没有，反而只用了1年多的时间剿灭掉了捻军，1867年12月，他灭了赖文光的东路军，并在扬州剐杀了赖文光。1868年6月，在山东境内剿灭了张宗禹的西路军。这一年，李鸿章竟然彻底平定了捻军。
