后来，朱棣围攻济南三个月无法破城，大将张玉又在东昌战死。接连的失败让朱棣心生退意，他打算先稍作休整，但姚广孝却劝朱棣一鼓作气，继续进攻。朱棣听取姚广孝建议，直取京师，最终赢得了靖难之役的胜利。
朱棣称帝后，拜姚广孝拜为资善大夫、太子少师，并复姓为姚，赐名广孝，这正是他名字的由来。在靖难之役中，让朱棣下定决心造反的是他，给朱棣练兵的是他，帮助朱棣在战略上赢得胜利的也是他，说姚广孝是靖难首功，一点都不夸张。明成祖朱棣对于这一点心知肚明，所以他对姚广孝十分尊敬，与他交谈从不直呼其名，而是称他为少师。
朱棣曾多次劝姚广孝蓄发还俗，并要赐予他府邸、宫女等，但姚广孝一概不受。他只是居住在寺庙当中，上朝时穿朝服，退朝后就回到寺庙中穿上僧衣，所以世人皆称他为"黑衣宰相"。
