可毕竟是造反，一旦失败，全家人将无一幸免，自己也将被钉在耻辱柱上，死了都没办法见老爹朱元璋，所以朱棣左右为难起来。姚广孝见状，向朱棣陈明厉害，并劝他起兵。朱棣忧虑道："民心向彼，奈何？"姚广孝斩钉截铁的说"臣知天道，何论民心。"
见朱棣还是纠结，姚广孝又找来相士袁珙和卜者金忠，让他们占卜，来测朱棣造反的凶吉。至于结果，显而易见，肯定是吉。朱棣见状，终下决心，准备起兵造反。
《明史》载："道衍练兵后苑中。穴地作重屋，缭以厚垣，密甃翎甋瓶缶，日夜铸军器，畜鹅鸭乱其声。"姚广孝不仅坚定了朱棣的决心，还亲自帮朱棣训练军马。
1399年（建文元年）六月，燕王朱棣起兵，以诛杀齐泰、黄子澄为名，号称"靖难"，实则谋反。同年十月，朱棣袭取大宁，李隆景率领朝廷人马围攻空虚的北平。留守北平的姚广孝和朱高炽冷静应对，指挥守军数次击退李景隆的进攻，并在夜间派出军队与朱棣合击，击溃李景隆的军队。
