当中原即将发生明清鼎革之时蒙古草原各部大体形成三部分：漠南蒙古（今内蒙古自治区）、漠北喀尔喀蒙古（今蒙古国）、漠西卫拉特蒙古（今新疆天山以北）。准噶尔部属于漠西卫拉特蒙古，卫拉特蒙古即是由之前的瓦剌部演变而来。漠西卫拉特蒙古主要由准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四大部落和一些小部落共同组成，其中和硕特部长期作为卫拉特联盟的盟主存在。葛尔丹在继承准噶尔部的汗位后击败和硕特部首领兼卫拉特盟主的鄂齐尔图汗，遂成为卫拉特霸主，把卫拉特联盟变为事实上的准噶尔汗国。两年后获得达赖喇嘛的赠号"博硕克图汗"（蒙古诸部信黄教以获得达赖赠号为荣）。他征服哈萨克、灭叶尔羌汗国，称雄西域。1688年进攻喀尔喀蒙古土谢图汗部，继而进军内蒙古乌兰布通，威逼北京。这一时期准噶尔汗国的疆域囊括了今天的新疆、中亚、外蒙以及内蒙的一部分，在这样的局势下葛尔丹顺势将统一蒙古诸部提上议事日程，而这是清朝无论如何无法容忍的。
清朝入主中原后为压制在人口和制度文明上都具有优势的中原汉人的反抗而致力于同蒙藏各部族组成共同压制汉人的联盟体系，事实上早在入关前皇太极就在1632年征讨身为蒙古黄金家族直系后裔的察哈尔部林丹汗并获得了据说是元朝的传国玉玺，皇太极随即仿行中原汉制称帝改元：女真族名改成了满洲、大金国号改成了大清，而原本臣服于察哈尔部的漠南蒙古诸部至此皆已臣服于皇太极。清军组建了蒙古八旗，借助蒙古各部的力量制衡中原汉人以维持自身统治。准噶尔汗国咄咄逼人的态势摆明了是要一统蒙古诸部，清朝又怎么能允许这样的事发生呢？
事实上准噶尔汗国不只具有统一蒙古的野心--被葛尔丹打败的和硕特部进入青海建立了和硕特汗国。青海和西藏都位于青藏高原上，历史上同属吐蕃王国。吐蕃王国覆灭后藏传佛教在青藏高原上建立了政教合一的政权，后来藏传佛教政权先后归附元、明两朝。和硕特部在青海建立和硕特汗国后和西藏的达赖政权合作共同统治青藏高原。葛尔丹在追击和硕特部的过程中也把自己的势力扩张到青藏高原。就在葛尔丹向青藏高原扩张之时西藏达赖政权与青海和硕特汗国政权却闹翻了：事情的起因是五世达赖时期他的管家桑结嘉措利用自己和达赖的特殊关系掌握了藏传佛教的教权，鉴于当时这一地区政教合一的客观现实要想统治青藏高原必须同时具备教权和兵权，然而桑结嘉措的弄权行为使得青藏高原的教权和兵权出现了分离--教权掌握在桑结嘉措手中，而兵权掌握在青海和硕特汗国的拉藏汗手中。五世达赖死后桑结嘉措担心拉藏汗乘机剥夺自己的管理权，于是在没知会拉藏汗的情况下自作主张立了六世达赖。拉藏汗自然不承认这位未经自己认可的达赖，桑结嘉措深知自己手中没有兵权，真打起来绝不是拉藏汗的对手，于是他利用自己掌握藏传佛教教权的号召力向葛尔丹发出求援结盟的意向。葛尔丹早年在西藏学佛期间深受桑结嘉措优待，在相同的政治利益和昔日的个人感情驱使下葛尔丹率部大举进入青藏高原。如果任由葛尔丹吞并青藏高原，那么大清的西部疆界将完全暴露在准噶尔汗国的威胁之下，考虑到青藏高原的地缘优势将使准噶尔汗国在面临清军时具有居高临下的巨大优势。
事实上葛尔丹之所以致力于在蒙藏各部以及中亚地区扩张也许其野心并不至于统一蒙藏各部，说不定在葛尔丹看来：本来好好的大明江山为何你满洲爱新觉罗家能坐，我蒙古准噶尔部就不能坐呢？曾几何时北京城可是元大都啊。对准噶尔而言：统一漠南蒙古和漠北蒙古，征服青藏高原将使其具备同清朝竞争的绝佳优势地位，也许进而入主中原重现成吉思汗时代蒙古人的辉煌也并非绝无可能。而对此时已入主中原的清朝而言：和之前历代中原王朝一样蒙古问题已成为清朝面临的最大外患，此时漠南蒙古诸部已然臣服并成为清朝拉拢争取以压制汉人的对象，然而准噶尔作为蒙古诸部中最为强势者必须压制下去，否则就难以真正令蒙古诸部完全归心，而一个过于强大的准噶尔汗国也将对清朝的边疆安全构成极大的挑战。正因为如此双方构成了极其强烈的竞争关系，彼此之间的矛盾难以调和。
