从永乐八年（1410年）开始明成祖朱棣五出漠北征讨鞑靼部控制下的北元政权，在明军持续的打击之下鞑靼实力大损，而向明称臣的瓦剌则趁势崛起。由于瓦剌部是一支没有显赫历史的部族，所以无法像黄金家族那样具有无上的威望和号召力。对此瓦剌部采取的对策是名义上拥立一位黄金家族的成员作为全蒙古的大汗，而自己则以太师之名挟天子以令诸侯。通过这种模式瓦剌部至少从形式上压服了蒙古各路势力，初步完成了蒙古诸部的统一。崛起后的瓦剌不再对明朝保持恭顺姿态，转而开始不断向明朝索要物资和侵袭明朝边塞，最终引发了1449年的土木堡之战。在这场战争中明英宗朱祁镇成为了瓦剌的俘虏，瓦剌首领也先将朱祁镇扣为人质并带着他攻打明朝，在明朝都城北京城下被于谦击败。1455年也先被暗杀，其子阿马桑赤台吉继其父汗位，于次年进攻东察合台汗国。然而在前方取胜的瓦剌却遭遇了后院起火：皇后哈尼木的儿子亦不刺忻和也里牙思发动叛乱，虽然没有成功，却使瓦剌实力大损。
当瓦剌走上下坡路时东部的鞑靼在达延汗的统治下开始复兴：1506年达延汗征服亦思马因、火筛、亦卜剌，统一大漠以南的蒙古诸部。达延汗之子俺答汗在位时控制了东起宣化、大同以北，西至河套，北抵戈壁沙漠，南临长城的辽阔地域。俺答汗也曾像也先一样兵围北京城，但晚年的俺答汗选择同明朝修好以集中精力应对西部的瓦剌，随后鞑靼和明朝之间开发了互市贸易。
当明朝和蒙古系的瓦剌、鞑靼不断上演结盟和征伐的大戏时东北山海关外的女真部族看起来似乎算不得什么威胁：朱元璋开创明朝时东北地区尚在北元控制之下，女真还是蒙古的臣民。这时明朝最大的外患是蒙古：一则蒙古刚退出中原，依然还有比较强劲的实力；二则蒙古贵族对自己曾统治中原念念不忘。1387年纳哈出降明后明王朝的版图就覆盖到辽东地区。明永乐九年（1411年）至宣德八年（1433年）的20余年中女真族出身的宦官亦失哈奉明王朝之命巡视黑龙江下游，明朝在东北女真族聚居地设有辽东都司和奴儿干都司两大行政管辖机构。尽管如此当西部的蒙古势力崛起时也曾一度向东完全控制了整个女真地区。这时的女真分为建州女真、海西女真、东海女真等几大分支，同明朝和蒙古比起来女真各部的实力实在有限，甚至连李氏朝鲜也不断向北蚕食女真人的土地。其实女真人的剽悍善战丝毫不弱于蒙古人，只是由于部落太小无法形成合力而已。然而明朝和蒙古持续两百多年的对立给女真人带来了机会：建州女真的爱新觉罗·努尔哈赤利用明朝和蒙古对立无暇顾及自己的时机悄然统一女真诸部。直到这时蒙古察哈尔部的林丹汗还给努尔哈赤去书声称："四十万蒙古国之主巴图鲁成吉思汗致书水滨三万女真之主"，然而说出这番大话的林丹汗似乎忘了他并没真正统一蒙古各部，以致于当努尔哈赤的后金大军对察哈尔部开战后不愿再受察哈尔统治的东蒙古各部纷纷倒向后金。
