现代孔融是以“让梨”闻名，而在历史上，真正让孔融远近闻名的事情是，孔家收留名士的事情败露后，孔融对官府的人说：“收容匿藏张俭的是我，有罪归我。”此话让孔融的兄长孔褒很是羞愧，因为张俭是孔褒的好友，因此便也说道：“张俭来找我，不是弟弟的罪过，罪在我，我心甘情愿。”
后来孔褒获罪，16岁的孔融也因此让人觉得很有担当，不少人都称赞他，此外孔融在十三岁时，他的父亲孔宙去世，孔融悲痛过度，要人扶才站得起来，因此乡里邻居都夸孔融孝顺。
建安元年（196年），汉献帝迁都迁到了许昌，征召孔融为江作大臣，后来又升任少府，汉献帝对孔融很是重视。而孔融与曹操却很不对盘，在东汉末年，天下大乱，曹操以汉献帝的名义征伐四方。
曹操进攻并屠杀邺城时，曹操的儿子因此私自娶了幽州刺史袁熙的妻子甄氏，孔融便写信给曹操，讲：“武王伐纣，把妲己赏赐给周公。”曹操不解，因此询问孔融，孔融答：“按现在的事情量一量，想当然而已。”
207年曹操北伐乌桓，孔融又讥笑曹操，说：“大将军（曹操）远征，萧条海外，从前肃慎不进贡木苦矢，丁零偷盗苏武的牛羊，可以一并讨伐啊！”并且曹操上表请禁酒后，孔融又多次写信给曹操，言词中傲慢无礼。
