因此曹操想不关注孔融都难了，但是孔融一是孔子的第二十世孙，而是年幼成名，名重天下，于是曹操在表面上还是得表现得宽容，私下里则要做些动作。山阳人郗虑揣测到曹操的心事后，便找了一个藐视国法的理由奏免孔融。
建安十三年（208年）六月，曹操废三公，恢复了丞相制度，并且自任汉朝丞相，曹操得势，于是便打算除掉“肉中钉”孔融，指使丞相军谋祭酒路粹上奏孔融“招合徒众”、“欲图不轨”、“谤讪朝廷”、“不遵超仪”的罪名。
于是建安十三年八月二十九日将孔融处死，并株连全家。当时孔融已经56岁了，但是他的一对儿女还尚且年幼，不足十岁，因此孔融在临死前还是苦苦哀求曹操能够放过自己的9岁儿子和7岁女儿。
据《后汉书·卷七十·孔融传》记载，孔融被捕时，他的一对儿女寄居在别人家中，当时正在下棋，旁人就问他们：“父亲被逮捕了，你们怎么不为所动？”孔融的9岁儿子说了9字：“安有巢毁而卵不破乎！”
意思是说父亲孔融死了，他们不可能再活得好好的。后来主人家拿来了肉汁，孔融的儿子口渴便喝了，女儿却说：“今日之祸，岂得久活，何赖知肉味乎？”
旁人便将孔融儿女的话转告给了曹操，曹操因此大怒，吩咐下去：“一个不留。”当捉拿的人赶到后，女孩又对哥哥说：“若死者有知，得见父母，岂非至愿！”于是便自杀了。
