也就是从那时开始，司马睿彻底沦为了王氏家族的傀儡。从前的"仲父"王导负责处理朝中的大小事务，而其族弟王敦则还师武昌，遥控东晋朝政。可见，司马睿身为天子，号令却无法传出宫门，实乃帝王之大不幸。在卧床不起后，他曾试图通过重用司徒荀组来钳制王氏。
但哪曾想，司徒荀组却英年病逝，由此，更是加重了司马睿的心病。永昌元年十一月，司马睿忧愤而终，享年四十七岁。然而，作为东晋的开国君王，司马睿或许没有什么伟大事迹值得后人歌功颂德，但是，他的死却无疑让许多人记忆深刻。据历史资料记载，司马睿是被臣子活活气死的。
其实，从现代医学的角度来说，司马睿的死也是有据可依的。当人过于忧伤时，身体会分泌许多激素，即：出现所谓的内分泌紊乱。长此以往，身体必然会出现大大小小的毛病。换言之，司马睿的重疾是因为忧愁和不开心导致的。
话说，晚年的司马睿长期处于被囚禁的状态，而朝野上下约四分之三的官职都被王氏兄弟换成了自己人。于是，看到王家势力已经触及天下各处，司马睿的心中既惊惧又愤怒。可是，面对当时的情况是，司马睿却不能发火，更不能对王氏族人说重话，使心中的忧愤根本无从排解。
