到了公元1281年，南宋政府已经被元朝所灭，元朝中央将台湾称为"琉球"，并且他们还在澎湖设立了巡检司，此时的台湾正式作为一个行政地区被划分给泉州府衙管辖。后来元朝被明朝所灭，位于大陆的一部分流亡人口进入台湾成立部落，台湾岛也因人口的流入而散发出生命活力，不过此时在台湾岛上定居的人口并不多。大部分地区都处在蛮荒地带。
当时荷兰人殖民台湾，其实统治范围仅限于台南地区。后来郑成功收复台湾，将其当作大本营，大力发展，这时的台湾才算真正有了些人气，汉族文化也开始流传开来。
纵观台湾的整个发展史，它在南宋时期还只能算是"不毛之地"，南宋流亡政府人口众多，如果他们全部登陆台湾躲避战火，那么其前途也是非常"渺茫"的，很可能会被饿死。宋廷到达后，首先面临的是一片蛮荒，在台湾岛拓展地盘需要足够的实力和时间，无法长期获取足够的战略补给，几十万人吃饭穿衣问题得不到解决，朝廷自然会崩溃。
这与数百年后的明末郑成功的情形不一样，明朝的时候因为有闽南移民屯垦、海盗屯垦、荷兰殖民时期的开发等活动，台湾已经具有相对成熟的移民社会和屯田基础。
