唐太宗容忍了薛万彻性格上的缺点，后来甚至连大罪也不管不顾了。薛万彻后来经常说出一些怨念的话，埋怨朝廷和唐太宗对他不够好，对不起他的贡献。这些话李世民本不当真，然而连薛万彻的副将裴行方也证实了这点。一向宽仁的老帅李靖也说：
万彻职乃将军，亲惟主婿，发言怨望，罪不容诛。
但即使这样，对皇帝心怀怨念可是掉脑袋的大罪，连李靖都主张诛杀。然而唐太宗却还是放过了他，只是将他免官，流放外地，后来又赦免回京。
不过，唐太宗有心放纵，薛万彻自己却没有吸取教训。唐太宗驾崩后，他对唐高宗李治不满，竟然与另外一个驸马房遗爱商量谋反并拥立荆王李元景。后来事情败露后，世上再也没有唐太宗为他网开一面了。
