1388年4月10日，明军在大雪和风沙的掩护下，突然出现在北元诸军面前。当时，蒙古人正在整理辎重和车辆，准备到漠北去游牧，处于防御最脆弱的时候。
蓝玉手下部将王弼提着双刀一马当先，数万明军呐喊着紧随其后，蒙古人随即大败，简直溃不成军。北元最后一位皇帝脱古思帖木儿非常警觉，在明军来袭的那一刻，他就知道战事已经不可收拾。他带领着太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十骑匆忙逃走。战后，蓝玉曾派精骑追击，但是没有追上。然而失去了军队的脱古思帖木儿很快被蒙古军阀所杀，北元政权正式灭亡。
捕鱼儿海之战，完全成了明军对蒙古人单方面的屠杀，北元最后的精锐——禁卫军全军覆没，其主将蛮子和哈剌章一死一失踪。此战中，元军当场战死数千人，另有七万七千多人与四万七千匹战马被俘。此外，成为明军战利品的还有四千八百四十头骆驼、十一万二千四百五十二头牛羊、三千余辆各式车辆以及一大批后勤辎重。
更可贵的是，北元的皇室几乎被明军一网打尽，这些人员包括已故君主爱猷识理达腊的妻子、现任君主脱古思贴木儿的后妃及次子地保奴、公主等，成为阶下囚的各类达官贵人总共有二千九百九十九人。
据说脱古思帖木儿的皇后尤其美丽，其艳名名动大漠，蓝玉见到后竟然把持不住自己，竟凛然道：“自靖康以来，宋朝公主和后妃所受的侮辱，就由我来报仇吧！”
史书记载，蓝玉与蒙古皇妃私通，这显然是为尊者讳的说法。因为皇妃与蓝玉“私通”不久，就因为羞愤自杀了，很显然蓝玉奸污了蒙古皇妃。除此以外，北元政权还有多名贵妇为明朝兵将所辱。蒙古人曾多次侮辱金朝、宋朝的贵族妇女，如今他们也饱尝耻辱的滋味，真是天理循环，屡试不爽。
蓝玉自恃功高，竟然将蒙古公主以及一些宫女收为妾室、婢女，简直胆大妄为。蓝玉案爆发后，蓝玉强奸蒙古皇妃，私拿蒙古贵女的行为成为他的主要罪行之一。随后，蓝玉被夷灭三族，并且剥皮实草。“飞鸟尽，良弓藏”，历史总是不断循环的。
那么，被蓝玉俘获的蒙古贵族都有什么下场呢？据史书记载，朱元璋对待这些俘虏还是不错的，将他们高官厚禄地养了起来，以此来吸引更多的蒙古人投降明朝。
