直到近几十年，通过对明孝陵周边的考古，终于揭示了这个谜团。
这些陪葬的妃嫔、宫女被分开葬在了三个地方，对应了墓葬“左辅右弼”的格局。
一是在如今的南京植物园内。
二是在明孝陵宫墙外东南角一处。
三是妃子墓区，这里位于明孝陵右侧。
这样的格局与明太祖的孝陵、太子朱标的东陵遥遥相望，这些美貌薄命的女子，死后还要继续为老皇帝服务。
妃嫔殉葬这项古老而残忍的制度，从商朝就开始出现，奴隶社会进入封建社会后被继续保留。
汉唐两朝风气改为让皇亲国戚和达官显宦死后陪葬皇陵附近。
到了宋朝，随着契丹、女真、蒙古等先后入主，人殉传统再次兴起，并被明朝所继承。
直到明英宗朱祁镇时期，才下诏停止以活人殉葬，“用人殉葬，吾不忍也，此事宜自我而止。”
但此后清朝又有反复，从努尔哈赤到皇太极、多尔衮和顺治，都有妃嫔、侍女殉葬的事情，直到康熙年间，才最终停止。
