汉和帝刘肇逐渐长大，也越来越懂事。外戚欲久专国政，天子欲收回大权，两者间的冲突是免不了的。这对日益膨胀的窦家权势不能不形成威胁。这时的窦氏已经同为九卿、校尉，遍布朝廷，他们甚至开始思考弑君篡位。窦宪便与女婿郭举及其父郭璜、部下邓叠及其弟邓磊等，共同谋划企图杀害刘肇，篡汉而代之。
汉和帝很快知道了他们的阴谋，但是窦氏专权，汉和帝已经和大臣们隔绝，只能利用宦官。他与中常侍钩盾令(负责宫内河池苑囿的宦官)郑众商议对策。为保证成功，汉和帝下诏令窦宪来京辅政，先行调回窦宪。准备在窦宪回京时下手。抓捕窦宪的前一天晚上，汉和帝亲自御临北宫，命令司徒兼卫尉官丁鸿，严兵守卫，紧闭城门;命令执金吾、五校尉等，分头捉拿郭璜、郭举父子和邓叠、邓磊兄弟，清除了外围。
14岁的汉和帝，花费心思，从容策划，利用宦官，一举扫平了外戚窦氏的势力，成功地夺回了政权，再现了汉宣帝刘询诛霍禹的故事。
在一举扫平了外戚窦氏集团的势力之后，汉和帝开始亲理政事。他每天早起临朝，深夜批阅奏章，从不荒怠政事，从他亲政的所作所为，不失为一个有为的君主。
汉和帝当政时期，曾多次下诏赈灾救难、减免赋税、安置流民、勿违农时。在法制上也主张宽刑。他任用的掌管刑狱的廷尉陈宠，便是一个富于同情心的仁爱之人，每次断案，都依据经典，而“务从宽恕”。
由于和帝时期，一些贤良朝臣和宗侯大多年老体弱或寿短命微，陆续退出了历史舞台。汉和帝四次专门下诏纳贤，积极做好吏治建设，选拔任用良吏。
最重要的就是，汉和帝时期，刘肇任命班超为西域都护，西北有西域都护班超大破焉耆，西域降附者五十余国，彻底平定西域诸国。东北有乌桓校尉任尚大破南单于，将辽东收归，改为渤海郡。东汉逐步呈现出国泰民安、四夷宾服的局面。
据史载，汉和帝永兴元年（公元105年），垦田面积达732万多顷，为东汉之最，户籍人口达5325万多人。刘肇亲政后使东汉国力达到极盛，时人称为“永元之隆”，这是汉朝的最后一个盛世。
略微可惜的是，汉和帝刘肇去世时，仅仅27岁。儿子都很小，自此之后，东汉开始了小皇帝轮番上场的局面。而且，由于和帝对宦官的过分倚重，造成了宦官干政的局面。所以史书上说“宦官用权自此始矣”，从此，东汉进入了外戚与宦官交替执掌朝政的时代。
