1344年五月，脱脱“因病”辞官。之后几年时间中，中国多地连年遭受自然灾害，社会形势愈发动荡。更雪上加霜的是，连绵不断的大雨使黄河河水猛涨，最终冲垮堤岸，泛滥成灾。1349年，元顺帝将脱脱召回朝廷，重新担任右丞相之职。
脱脱重新上任之初就通过发行新纸钞的办法临时解决了经济危机。之后他又动员约17万士兵和民夫，耗时7个月完成了黄河河道工程。不过，就在黄河工程进行的同时，淮河流域又发生了决口。无家可归的农民在韩山童、刘福通等人的领导下，发动了“红巾军起义”。由于当时社会矛盾已经到了非常尖锐的程度，因此起义军很快就发展成星火燎原之势。
如果说之前脱脱的工作成就都是在行政方面的话，那么接下来几年时间中，他在军事方面的统帅和调度才能将发挥到淋漓尽致的程度。脱脱创造了一个全国性的镇压“机器”，并能有效地将其控制住。他可以根据实际需要随时建立与解散较大的军事组织，并确保不会导致基层军队出现混乱局面。如此一来，军权就牢牢控制在朝廷手中。同时，脱脱在任用将领方面眼光独到，元朝官军在经历了刚开始阶段的失败后，很快就取得了更多胜利。至于那些需要动员大规模军队的行动，脱脱则是亲自参与指挥，以防止军队将领拥兵自重。
