最恶劣，最严重当属1965年的"9·30"屠华事件"以及1998年5月针对华人的"黑色五月暴动"。
1965年9月30日陆军将领苏哈托架空了总统苏加诺，随后以共产党叛乱为借口，对印尼华裔力量进行清洗和屠杀。
至少有50万所谓左派被杀，其中大部分都是华人（至少30万人），另外有60万人被捕。
这堪称那个时代最惨烈的种族灭绝暴行之一，至今世界一些人权组织仍在呼吁"调查苏哈托政权的暴行，纪念印尼大屠杀中的受害者"。
印尼前总统苏哈托（1921.6.8-2008.1.27）
中国人都要记住这个人渣
对华人影响深远的还有印尼政府设立的歧视性的法律法规。比如，1945年的印尼宪法就明确规定，印尼总统必须由原住民担任，这就把华人排除在最高权力之外。
还有不准使用中文及出版中文报纸书刊，限制宗教和文化习俗、不得取中国名字，不准办华人学校，不准成立公开的社会政治团体，不得进入政府部门工作等等，总共有14项之多。这样不遗余力的抹杀中华文化，导致大多数60岁以下的华人完全不懂中文。
这些限制政策直接导致华人参与印尼政治生活的道路被堵死。一旦发生社会动荡，政治上无权的华人便遭遇灭顶之灾。
苏哈托直接担任总统期间，随着其家族腐败无能、贪污成性、高压独裁统治，为了转移国内对其不满的矛盾，印尼每年都有几起大大小小的排华事件。
离我们最近的一次排华事件，是1998年那场惨绝人寰的的"黑色五月暴动"。
事件先是源于97年的东南亚金融危机爆发，当时印尼经济一落千丈，百分之五十的印尼人处于贫困线以下，超过1500万人失业，印尼盾同美元的比价一度跌至17000盾兑换一美元。
