包括宋恭帝在内的南宋宗室都成为俘虏，随元军北上。至此，延续了近320年的赵宋王朝正式灭亡。
此后，南宋残余势力在福建、广东一带坚持抗元，后来也被元军剿灭。1279年3月19日，眼见大势已去，南宋大臣陆秀夫携年仅八岁的小皇帝赵昺在广东崖山投海自尽，南宋最终寿终正寝。
宋恭帝被俘之后被押解到元朝都城大都，他在大都的大安殿会见了元世祖忽必烈。忽必烈封恭帝为瀛国公，并把公主许配给他，以此来笼络宋恭帝。成年之后，宋恭帝为了表示自己没有反叛之心，志在皈依宗教，于是向忽必烈请求出家为僧，忽必烈同意了他的请求，就这样在他的支持下，宋恭帝去了西藏萨迦寺出家为僧。
从此以后，宋恭帝开始专心研究藏传佛教经文，凭借他的才干和努力，宋恭帝很快就学会了藏语藏文，也逐渐修炼成一个颇有修为的法师，他翻译注解了《因明入正理论》、《百法明门经》等藏传佛教经典，后来更是成为萨迦寺的住持长老，法号''合尊''。
本来如果照此发展下去，宋恭帝应该可以平静安详地度过余生，直至坐化圆寂。只是世事难料，公元1323年的一天，宋恭帝偶然间想起自己过往的种种经历，想起自己从皇帝变成阶下囚的跌宕人生，不禁悲从中来，潸然泪下。于是他提笔写下了一首《在燕京作》以抒发内心感慨。
