陈廷敬被陷害后，给康熙上书说他精神受到严重影响，不能当职。希望辞去公职，回来孝敬父母。康熙皇帝免去了他大臣的职务，并安排他总裁修书。康熙二十九年，宠臣高士奇与徐乾学窝里斗，相互弹劾。康熙帝对这两个人的炫耀和干涉行为深恶痛绝，并把他们一起赶出了京城。
直到那时，他才重新重用陈廷敬，任他为左都御史。而那位曾经捏造事实弹劾陈廷敬的张玉书，在这一年被授予文华殿大学士兼户部尚书。此后，陈廷敬多次担任户部尚书。甚至在他丁忧两年期满后，他也以大致相同的速度从一个部门转移到另一个部门。没有像其他宠臣那样加上个荣誉性的虚衔。
直到康熙四十二年，康熙帝这才让他升任文渊阁大学士，其晋升之慢，是清代大学士中的一个奇迹。康熙皇帝对陈廷敬的重用并不多，这表明他们之间一定有些隔阂。然而，陈廷敬死后，康熙皇帝仍然给他很高的荣誉。他派皇三子、诚亲王胤祉率大臣侍卫前往祭酒，命各部各院大臣凭吊，还"加祭一次，谥曰文贞"。然而，这种荣誉被康熙皇帝遗弃多年的明珠死后也享用过。然而死后的封赏又有什么用呢？
