明朝进入防御之后，蒙古继续进攻明朝。相比之下，清朝对蒙古的策略要比明朝好很多。明朝改为防御之后，蒙古开始再次膨胀，先后爆发了"土木堡之变"、"庚戍之变"等一系列入寇事件，明朝更加被动。那么清朝对待蒙古，就和明朝不同了。1635年，漠南蒙古臣服清朝。此时的漠北蒙古和漠西蒙古也先后向清朝进贡，清朝成为蒙古的宗主。
1691年，康熙举行"多伦会盟"，将漠北喀尔喀蒙古纳入版图。康熙时期的蒙古问题没有彻底解决，但是到了乾隆时期，这一问题被彻底解决。1757年，乾隆平定漠西蒙古准噶尔汗国，彻底解决了蒙古问题。占据蒙古之后，清朝面临的就是管理蒙古的问题，相比明朝，清朝实施了一系列措施管理蒙古。
针对漠西蒙古准噶尔汗国，乾隆采取了一系列的措施。蒙古人固定之后，抵御天灾的能力大大下降，遇到灾年，蒙古人只能在饥寒交迫中等待清朝的救援，很多人在慰问品到来前就先一步而去了。其次，蒙古部落固定之后，带来了近亲结婚的问题，草原上的性病流行夺去了大量蒙古人的性命。
针对蒙古人信仰喇嘛教的事实，清朝在草原上大兴喇嘛教，大建喇嘛庙。更为重要的是，规定每个蒙古家庭除了留下一个男子守灶外，其余男孩全部出家。这样一来，蒙古人的生育率大大下降。其次，蒙古当时还要面临一个敌人，这就是沙俄。沙俄的到来，让蒙古再也不能随心所欲地北逃了，因为沙俄此时占据了西伯利亚，堵住了他们的退路。
1689年，康熙和沙俄签订了《尼布楚条约》，规定了东北的边界，实际上也是对外兴安岭南北蒙古区域的划分。清朝拥有漠北蒙古后，1727年雍正和沙俄签订《恰克图条约》，划定了清俄中段边界，随即中俄贸易开始繁荣。从此之后，对于清朝来说，蒙古问题彻底消失。
