而更为严重的问题则与兵变有关。
在南宋立国之初，由于中央军实际名存实亡，在大多数时候，地方将领对于中央的指令执行也往往大打折扣，而这种不听调令的事态，则是中央与地方矛盾激化的关键，其最终结果往往是爆发波及甚广的兵变。在南宋初期，最为严重的兵变一共有两次：明受兵变与淮西兵变。
这两次兵变，一次几乎置赵构于死地，一次则是南宋初期设立的防御体系出现重大缺口，几乎重演靖康惨祸。
先是明受兵变。
建炎三年，为抵御金兵南下，宋廷将张俊、杨惟忠、刘光世、韩世忠所部悉数派往江淮防御，而此时充当行在守军的，是苗傅与刘正彦两位将领。由于认为高宗赐赏不公，刘苗两人拥兵皇城之下，成功逼迫高宗下诏罪己并退位。
这也几乎是高宗自建炎南渡以来最为狼狈和危险的一次。虽然在此事之后不久，各地将领纷纷举兵讨伐刘苗，但是高宗对于武将之猜忌由此日盛。
而另一次兵变的影响则几乎断送了刘光世的性命。
绍兴六年，伪齐皇帝刘豫三路伐宋，而刘光世却于此战中畏葸不前，引起高宗不满。事后，高宗以此为契机准备收揽刘光世所部淮西军。诚然，刘光世虽有畏敌之迹，却无叛宋之心。但其部下郦琼等人却因此率领七万淮西军投叛伪齐。这一事件，不仅使淮西军中部分将官的桀骜和不逊暴露，还同样影响了皇帝对于岳飞的观感。
在淮西兵变发生前，高宗曾经许诺将淮西军权归属岳飞，后又因猜忌而反悔。深感受欺的岳飞因此尚未解除帅职便孤身前往庐山隐居，朝野上下一片哗然。
而这之后，高宗曾命张浚（非中兴四将之张俊）收拢岳家军，但是前往接管兵权的都督府参议军事张宗元却遭到岳家军诸将的集体抵制，若非有人从中斡旋，岳家军几乎脱离朝廷掌控。这也是之后岳飞遭遇风波亭冤案的重要原因之一。
除了上述两次兵变以外，“绍兴和议”同样暴露了南宋军权旁落所带来的尴尬处境，绍兴八年，赵构启用主和派秦桧为相，负责与金全面议和一事。
而这次议和，几乎重演后晋石敬唐之事，尤其是条目中“诏谕江南”一条，更是从法统上将南宋置于金国之下。对此，禁军三大主管之一的杨沂中曾经言辞激烈的表示反对，但其反对理由却十分值得玩味：“今三大将在外，它日见责，以尔等为宿卫之臣，乃令上行此礼，不知何词以对”。
