首先提出反对的是史可法，他修书一封给马士英，认为朱由崧上位当皇帝有“七不可”，分别是：贪、淫、酗酒、不孝、虐待下属、不读书、干预官吏，同时提出潞王朱常淓最适合继位。
最终，史可法没有斗过马士英。马士英与黄得功、刘良佐、高杰、刘泽清“发兵奉福王”至龙江关，史可法无奈之下率六部大臣拥戴了朱由崧。
2、上台就忙着选秀挑美女
继位之初，朱由崧面临的情况不算太坏，河南、山东尚在手里，江北四镇的总兵力超过百万，左良玉还有上百万人马，南明占据着江南最富庶的土地，清兵则和李自成交战正酣无暇南顾……朱由崧却正如史可法所说的，没有利用这个大好时机整军备战，上台后就忙着选秀挑美女。
来看如下记载——“中使四出，民间女子稍有姿色即以黄纸帖额，选入宫中”；“选淑女黄氏、郭氏入宫；仍命再选，有母女自尽者”；高杰被许定国诱杀、清兵即将渡江南下时仍下诏“嘉杭二府速选淑女”；多铎兵至淮安了朱由崧还下诏“选淑女于贡院，七十人中选中阮姓一名，大铖侄女也。”还在浙中选送的50名淑女里选中王姓、周姓各一名；选秀中如隐匿适龄女子，则对四邻连坐惩罚……
朱由崧还下诏“修兴宁宫、建慈禧殿”，供自己和太后享用。为筹备大婚“宴赏皆不以节，国用匮乏”。内务府监造的皇后礼冠需用猫眼石、祖母绿，花费10万金购来重量一钱以上的百十颗。
3、南明官场妖风一片
因拥立朱由崧，马士英被记头功，得到朱由崧极大信任。信任到何种程度呢？有个事例可以说明，继位当年正赶上元宵节，朱由崧手持花灯在宫中游乐，守备太监韩赞周劝告：“天下大事又多又难，何必做这些小事？”朱由崧答：“天下事有老马在，何虑？”
