正德年开始，各地开始大量开设皇店，名为提供百姓供给，实则是将商业利润据为己有，当然，其经营者依然是皇帝的忠实拥趸-宦官。到万历年间，矿产、税收等都被宦官把持，这些宦官们巧取豪夺，鱼肉百姓，自身却大发横财，大太监王振死后被抄家，发现有金库六十多座，玉盘一百多，六七尺高的珊瑚更是比比皆是，比之东晋的石崇王恺不逞多让，而刘瑾被抄家后，仅是黄金就超过两百五十万两，超过明朝一年的财政收入，明孝宗朱佑樘算是一代贤君，即使如此，他的宠臣大太监李广，也是家财万贯，“黄百米各千石”。
宦官的贪腐也引发了不少抗争，例如万历二十八年反对税监兼矿监陈奉的 “ 武昌民变”；万历二十七年临清百姓反对税监马堂的斗争 , 万历二十九年苏州人民反抗税监孙隆的斗争皆是因此而起，但这些小规模的暴动多为皇帝选择性忽略，一来是他们离不开太监的协助，纵然有些错误也在容忍范围以内；二来这些抗争规模较小，无法引起他们的警示；三来他们把这些反抗看做是底层对皇权的挑战，不愿意妥协姑息。
与宦官阶层相对应的百官们，本是制衡权力的重要一级，但随着皇权的扩大，大臣们不约而同的选择同流合污，即便有些改良，也要依附皇权才能达到目的，例如大奸臣严嵩，能够秉政多年不倒，除了嘉靖皇帝的宠幸，与宦官的助力也是分不开的，《明史》言他“?结诸奄人, 微伺大内动静, 密白之, 朝夕数十至。嵩随其巨细裹金钱劳之, 诸奄人听嵩, 由是上之寝食息, 皆得预闻而为之地矣。”而张居正的改革，也是再得到大太监冯宝的支持后才得以顺利推行，那些不愿与屈从与宦官势力的大臣们，不是被处死，就是被贬官，长此以往，双方开始结成默契的利益集团，内臣外臣之间的分工和制衡机制形同虚设，大家集体随波逐流。
